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Comment les bactéries ont domestiqué les phages

mercredi 6 août 2014

par Agnès Vernet

Le génome bactérien poursuit une évolution constante en assimilant et abandonnant des gènes dérivés des phages.

Pour contenter leur besoin permanent d’adaptation, les bactéries sont sans cesse à la recherche de nouvelles ressources génétiques. Dans une compétition évolutive impitoyable, des outils avantageux pour la colonisation de nouveaux milieux, la résistance aux infections ou le transfert horizontal d’informations génétiques peuvent être déterminants. Louis-Marie Bobay, Marie Touchon et Eduardo Rocha, de l’Institut Pasteur, viennent de démontrer que les bactéries assurent cet intense renouvellement génétique grâce aux phages, des parasites ou des virus spécialistes des procaryotes.
L’idée n’est pas neuve mais les travaux de génomique comparative des trois biologistes indiquent que le phénomène est continu et qu’avant leur intégration, les phages sont soumis à une sélection par leur hôte. Les chercheurs parlent même de « domestication des phages » par les bactéries.
Après avoir identifié plus de 300 prophages – des séquences phagiques intégrées dans le génome d’un hôte – transmis d’une génération à l’autre au sein d’entérobactéries, ils démontrent que certaines séquences sont très anciennes et pourraient avoir été déterminantes dans la divergence entre Escherichia coli et Salmonella enterica.
L’analyse de la distribution de l’ADN prophagique dans les génomes bactériens semble indiquer que certains gènes – probablement ceux impliqués dans la virulence – sont inactivés rapidement alors que d’autres sont maintenus, traduisant une dégradation génétique lente. Selon les trois chercheurs, cela pourrait être le signe d’une sélection des gènes à conserver ou non par les hôtes. L’évolution des bactéries s’appuierait alors sur un flux permanent d’acquisitions et de pertes de prophages.

Bobay L-M et al. (2014) Proc Natl Acad Sci USA,
doi:10.1073/pnas.1402770111

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Bactériophages au microscope électronique.
© Graham Beards via Wikimedia Commons

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