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Dans l’intimité chromosomique d’une cellule

jeudi 26 septembre 2013

par Agnès Vernet

Il est désormais possible d’étudier les conformations chromosomiques d’une cellule unique. Un outil déterminant pour une génomique haute résolution.

L’organisation spatiale des chromosomes dans le noyau d’une cellule est un élément crucial du contrôle de l’expression génique. Pour l’étudier, la méthode la plus performante est la capture de conformation chromosomique (3C), technique qui lie entre elles les zones chromosomiques spatialement proches et révèle ces rapprochements par le séquençage. Grace à un marquage des nucléotides à la biotine au niveau du site ligaturé, il est possible de séquencer finement les parties du génome proches spatialement : on parle alors de Hi-C. En réalisant cette opération sur des millions de cellules, les chercheurs compilent assez de données pour proposer une modélisation moyenne des conformations chromosomiques et de leur impact sur l’expression génique.
Des chercheurs de l’Institut Babraham de Cambridge, au Royaume-Uni, ont développé des banques d’ADN de cellules uniques soumise à un protocole similaire au Hi-C, ce qui leur permet d’étudier les conformations chromosomiques à l’échelle individuelle. Une technique qu’ils ont baptisée « single cell Hi-C » et qui se traduit par une modélisation fine en 3 dimensions du chromosome. Ce bond en termes de résolution spatiale permet d’analyser les variations intercellulaires de l’organisation des séquences d’acides nucléiques. Les chercheurs ont ainsi pu confirmer l’existence de conformations conservées, de l’ordre de la mégabase, mais ils révèlent aussi une grande variabilité pour des échelles plus larges comme les territoires chromosomiques. Des résultats qui devront être approfondis afin de valider la méthode et d’affiner notre compréhension des régulations géniques.

La vraie structure d’un chromosome (en anglais)


© BBRC

Nagano T et al. (2013) Nature, doi:10.1038/nature12593

Structure d'un chromosome en single-cell Hi-C © P. Fraser/Institut (...)

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