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Détecter les méthylations de l’ARN

mercredi 24 avril 2013

par Agnès Vernet

En utilisant un nucléoside analogue, des chercheurs de l’Institut médical Howard Hughes proposent une nouvelle méthode d’exploration de la maturation des ARN.

La méthylation des acides nucléiques n’est pas qu’une affaire d’ADN, elle concerne aussi l’ARN. Mise en évidence en 2010, cette modification post-transcriptionnelle semble limitée aux ARN non codants, qu’ils soient de transfert (ARNt) ou ribosomiques (ARNr), chez les procaryotes comme chez les eucaryotes. Or ce phénomène reste très méconnu. Quel est son rôle biologique ? Quelle est son ampleur ? Ces questions sont fondamentales et les outils pour y répondre font défaut. Pour pallier cette situation, des chercheurs de l’Institut médical Howard Hughes, à Salt Lake City, proposent une méthode baptisée Aza-IP (5-azacytidine–mediated RNA immunoprecipitation) pour identifier les modifications réalisées par les ARN méthyletransférases.
Cette technique exploite le lien covalent que forme l’enzyme avec un analogue de la cytidine (5-azacytidine) pour déceler les cibles par immunoprécipitation.
L’application de cette méthode à deux méthyltransférases humaines, DNMT2 (DNA methyltransferase 2) et NSun2 (NOP2/Sun RNA methyltransferase), dans des cellules HeLa révèle de nouveaux ARN non codants méthylés. Les biologistes ont aussi observé une très haute fréquence des conversions de cytosine en guanine sur les résidus nucléotidiques ciblés par les deux enzymes. Ce qui suggère qu’il existe un mécanisme d’identification de cytidines spécifiques à méthyler.
Ce travail offre la possibilité d’identifier de nouvelles pistes à explorer afin de mettre à nu le rôle biologique de la méthylation des ARN. En utilisant d’autres nucléosides analogues, les chercheurs pensent aussi être en mesure de détecter de nouvelles enzymes impliquées dans les modifications post-transcriptionnelles de l’ARN.

Khoddami V, Cairns BR (2013) Nat Biotechnol,
doi:10.1038/nbt.2566

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