E-Biothon, un cloud dédié à la bio-informatique

Vous avez besoin de puissance de calcul pour vos recherches ? Attendez E-Biothon. Cette plateforme de bio-informatique, chapeautée par le CNRS, l’Inria et l’Institut français pour la bio-informatique, en partenariat avec la société IBM et la start-up SysFera, mettra à la disposition des chercheurs un outil numérique de grande capacité et de haute performance pour développer des logiciels adaptés à la génomique, à la protéomique ou encore à l’écologie. Présenté mardi 19 novembre à Denver à l’occasion du salon Supercomputing, E-Biothon prendra la forme d’un simple portail internet ouvrant sur un environnement de travail dédié à l’exécution de calculs.
Trois applications pilotes ont déjà été déployées. En phylogénie, PhyML, développée au sein du Laboratoire d’informatique, de robotique et de microélectronique de Montpellier, permet de reconstruire l’histoire évolutive d’objets biologiques, des molécules aux espèces et aux populations, avec des temps de calcul raisonnables.
La seconde, développée par Alain Franc de l’Inra à Bordeaux, permet, via le barcoding, d’étudier la diversité biologique et la structure des différentes communautés d’organismes grâce à un outil d’inventaire rapide à partir de données issus du séquençage à haut débit.
La dernière application concerne le calcul et la visualisation de relations de synténie dans les génomes bactériens. L’unité Mathématique, informatique et génome de l’Inra à Jouy-en-Josas a développé un algorithme permettant de calculer ces relations entre des génomes bactériens séquencés et de les stocker dans une base de données relationnelle. Associé à un outil internet se connectant à la base pour en extraire ces relations, elle permet aux biologistes de les visualiser et de les utiliser pour compléter l’annotation des génomes.
Les chercheurs intéressés par l’accès à la plateforme pourront bientôt soumettre leurs projets de recherche afin d’en bénéficier.

Source : CNRS