En route vers le génome de blé

Dans le monde de la génomique, la séquence complète de l’ADN du blé reste un enjeu majeur, un véritable défi scientifique à surmonter. Du haut de ses 21 chromosomes, regroupant plus de 100 000 gènes et de très nombreuses séquences répétées, elle nargue les chercheurs depuis plusieurs années. Avec ses trois sous-génomes – on la qualifie d’hexaploïde –, cette céréale possède l’un des génomes les plus complexes du monde vivant, ce qui explique les difficultés techniques de son étude. Pour surmonter l’obstacle, les principaux instituts de recherches mondiaux se sont regroupés dans le Consortium international de séquençage du génome du blé. Une première ébauche de séquence a ainsi été publiée en 2014 et le séquençage à haute résolution des chromosomes a débuté. Aujourd’hui, ces travaux franchissent une étape importante. Des chercheurs du Centre d’analyse des génomes, installé à Norwich au Royaume-Uni, viennent de publier une nouvelle séquence fine de la variété Chinese Spring 42 de Triticum aestivum, une lignée de référence du blé tendre. Grâce au travail de spécialistes des algorithmes au sein du Centre d’analyse des génomes, le logiciel DISCOVAR – développé à l’origine pour le génome humain – a été optimisé pour l’assemblage du génome du blé, afin d’obtenir une forte couverture de la séquence en identifiant les répétitions. Même avec cet outil de pointe, il a fallu plus de trois semaines de calcul à un super-ordinateur britannique pour fournir la séquence la plus complète jamais obtenue. Bien qu’il ne s’agisse pas encore de la séquence intégrale et ultra résolutive qu’espère – en 2017 – le Consortium, ce succès fournit à la communauté agronomique un matériel d’une qualité inégalée pour étudier l’une des plus importantes plantes agricoles de l’histoire de l’humanité.

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