L’inventaire des espèces a son code-barres

Les expéditions d’écologie ne seront plus jamais les mêmes. Le metabarcoding révolutionne l’évaluation de la biodiversité. Quand, il y a encore 10 ans, il fallait prélever de multiples individus de chaque espèce pour constituer un inventaire non exhaustif d’un écosystème, l’association du code-barres – utilisation du gène mitochondrial codant la première sous-unité de la cytochrome oxydase (COI) pour distinguer les espèces eucaryotes – et du séquençage à haut débit autorise aujourd’hui l’analyse globale d’un sol ou d’une boue.
Des recherches internationales, réparties entre l’Europe, les États-Unis, la Chine, l’Australie et l’Indonésie, démontrent l’intérêt du metabarcoding pour mesurer la biodiversité. Les chercheurs ont pu caractériser les espèces contenues dans des échantillons standardisés de trois régions du monde – un milieu tropical représenté par la Malaisie ; un autre, subtropical, avec des échantillons venus de Chine et le milieu tempéré, grâce à des prélèvements au Royaume-Uni. 55 813 espèces d’arthropodes et d’oiseaux ont ainsi pu être identifiées. En réalisant une amplification des gènes de la COI directement dans l’échantillon, cette technique permet un précieux gain de temps comparée aux méthodes taxonomiques classiques.
Les approches systémiques créées par l’expansion du séquençage à haut débit constituent désormais des sources d’indicateurs objectifs indispensables au soutien des politiques de conservation de la biodiversité et d’évaluation des impacts des changements climatiques.

Ji Y et al. (2013) Ecol Lett, doi:10.1111/ele.12162

Le « metabarcoding » permet de répertorier globalement et précisément toutes les espèces eucaryotes d’un échantillon.
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