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Le diagnostic génétique plus rapide pour les nouveau-nés

mercredi 3 octobre 2012

par Agnès Vernet

Une approche combinant bio-informatique et séquençage à haut débit réduit le délai pour un diagnostic moléculaire à quelques heures.

Le temps nécessaire pour obtenir un diagnostic génétique, même d’un gène unique, atteint plusieurs semaines. Les médecins de l’hôpital et des cliniques Children’s Mercy de Kansas City, aux États-Unis, ont développé une approche s’appuyant sur le séquençage à haut débit afin de réduire ce délai à 50 heures. Leur technologie permet le diagnostic moléculaire sur génome entier d’environ 3 500 maladies monogéniques.
Pour développer cette technique, les médecins ont travaillé avec un outil de bio-informatique d’analyse du génome assistée par les signes et symptômes (Symptom- and sign-assisted genome analysis ou SSAGA) qui permet de mettre en corrélation les symptômes répertoriés des maladies récessives et l’allèle responsable s’il est connu. Le séquençage est donc ciblé sur un ensemble de séquences suspectes d’après les signes cliniques. SSAGA offre, de plus, une aide à l’interprétation des résultats en pondérant l’information, là encore en fonction de la corrélation avec la clinique.
La réduction du délai nécessaire à l’obtention du diagnostic différentiel s’appuie sur différentes étapes : la préparation de l’échantillon a été ramenée à 4,5 heures (au lieu de 16 heures), temps pendant lequel les médecins entrent dans le logiciel les informations cliniques. Puis le séquenceur – ici, un Illumina HiSeq 2500 – a besoin de 26 heures pour réaliser le séquençage ciblé et enfin, 15 heures sont nécessaires pour l’alignement et la comparaison des séquences obtenues.
Cette approche a été testée sur trois jeunes patients de l’hôpital Children’s Mercy. Elle a permis de diagnostiquer une atteinte grave de la peau liée au gène GJB2 pour l’un des nouveau-nés, une rigidité néonatale létale liée au gène BRAT1 chez un autre et enfin d’identifier BCL9L, un nouveau gène impliqué dans l’hétérotaxie viscérale (placement anormal des organes abdominaux) récessive, et d’exclure plusieurs mutations candidates chez le troisième. En pratique, il a fallu 50 heures entre la prise de sang et l’obtention des résultats.
Les services médicaux néonataux sont en demande de ce type de démarche car le temps pour mettre en place un traitement – quand il existe – est très court chez les nourrissons. Les chercheurs prévoient d’élargir leur étude à plus de 100 bébés afin de réaliser une évaluation des coûts et bénéfices et d’identifier les éventuels problèmes.

Saunders CJ et al. (2012) Sci Transl Med 4, 154ra135

© Sarah Maxey Photography

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