Le génome du dauphin Baiji éclaire son extinction

En 2007, l’Académie chinoise des sciences a déclaré le dauphin d’eau douce Baiji éteint, après qu’une expédition de 2006 échoua à trouver ne serait-ce qu’un spécimen dans le fleuve Yangtsé, son habitat. Cet événement spectaculaire est souvent considéré comme la première extinction d’un mammifère entièrement imputable à l’activité humaine. La publication d’un génome complet d’un spécimen mâle Baiji (Lipotes vexillifer) permet d’éclairer cette catastrophe de la lumière de l’analyse moléculaire et d’enrichir notre compréhension de l’histoire évolutive des cétacés.
Des chercheurs de l’université chinoise de Nanjing ont observé un taux de substitution très bas, caractéristique des cétacés. Cette faible dynamique pourrait participer à la fragilité de ces espèces. L’analyse génomique a aussi révélé une très faible densité de polymorphismes simple nucléotide – la plus basse jamais mesurée chez un mammifère –, une donnée cohérente avec la rapide diminution de la taille de la population de Baiji, selon les chercheurs.
L’étude de ce génome permet également d’esquisser une histoire démographique de l’espèce. Les populations de dauphins d’eau douce se seraient contractées durant la dernière glaciation, il y a au moins 10 000 ans, jusqu’à se confronter à un phénomène de goulot d’étranglement – forte réduction de la diversité génétique au sein d’un groupe – lors de ladite déglaciation. Puis, profitant de conditions plus favorables, les populations de Baiji ont traversé une période de croissance rapide et soutenue avant d’être poussées à l’extinction sous la pression humaine. D’après cette étude, des changements climatiques, globaux ou locaux, pourraient avoir joué un rôle important dans l’histoire démographique de ce dauphin. Le séquençage d’autres individus devrait permettre de tester cette hypothèse et d’en évaluer l’impact sur l’évolution plus générale des cétacés.

Zhou X et al. (2013) Nat Commun 4, 2708

Un dauphin Baiji en liberté dans le fleuve Yangtsé
© Kaiya Zhou