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Le sol fertile en résistances aux antibiotiques

vendredi 31 août 2012

par Agnès Vernet

Le microbiote du sol renferme un cluster de gènes de résistances aux antibiotiques. Mais plus inquiétant, tout indique que ce système communique avec les bactéries pathogènes pour l’homme.

Le sol, c’est sale, plein de bactéries. Jusqu’ici rien de neuf. Mais de plus, comme on y déverse toutes nos ordures, nous les humains malpropres, c’est un véritable réservoir de résistances aux antibiotiques. Voilà ce que démontrent les résultats d’une analyse métagénomique publiée dans Science. Kevin Forsberg, du Centre pour la science des génomes et les systèmes biologiques de l’École de médecine de l’université de l’État de Washington, à Saint-Louis (États-Unis), et son équipe ont ainsi mis en évidence une séquence mobile conférant de multiples résistances aux antibiotiques, à partir de cultures de protéobactéries du sol. Un kit de poche du parfait pathogène.
Son étude a révélé la présence de 110 gènes de résistance bactérienne aux antibiotiques, parmi lesquels 18 étaient absolument identiques à des séquences enregistrées dans la banque des National Institutes of Health, GenBank, et 32 très similaires. L’équipe de Kevin Forsberg a identifié 16 séquences précédemment répertoriées dans des cas cliniques de résistance aux antibiotiques. Ces 16 séquences se rapportent à 7 gènes connus pour conférer des résistances à 5 classes d’antibiotiques (β-lactames, aminoglycosides, amphénicoles, sulfonamides et tétracyclines). Ainsi, malgré les différences entre les espèces composant le microbiote du sol et les bactéries pathogènes de l’homme, il semble exister des voies de transfert de gènes entre les deux milieux microbiens. Pour les auteurs de l’article, comprendre les mécanismes de ces échanges et leur sens (du sol vers l’homme et/ou réciproquement) pourrait permettre d’anticiper l’émergence de pathologies nosocomiales. Mais ces données créent aussi un lien inédit entre une question médicale et certaines pratiques environnementales, comme l’utilisation excessive d’antibiotiques dans les élevages industriels.

Forsberg KJ et al. (2012) Science 337, 1107-11

Ochrobactrum en microscopie électronique
Image reproduite avec l’aimable autorisation du Research Center for Auditory and Vestibular Studies de l’Université de Washington, Saint-Louis. P30DC04665

Ochrobactrum en microscopie électronique

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