Le variant idéal du VIH

Comme tous les organismes, les virus sont soumis à des pressions de sélection. Le VIH n’échappe pas à la règle et subit un véritable goulot d’étranglement génétique lorsqu’il infecte un nouvel hôte. Le détail de cette perte de diversité est démontré par un groupe de recherche international emmené par le Centre Yerkes de recherche sur les primates, à l’Université Emory d’Atlanta, aux États-Unis.
Les chercheurs ont suivi pendant 10 ans une cohorte de couples hétérosexuels de statut sérologique différent – l’un des membres était contaminé, l’autre pas – issue du projet Zambia Emory HIV Research. Ils ont étudié 137 cas d’infection et comparé, pour chacun de ces cas, le génome des variants de VIH du donneur à celui transmis au receveur. Leurs travaux révèlent que la transmission s’accompagne d’un rétrécissement de la diversité génétique du virus : certains caractères viraux, comme l’expression de la protéine d’enveloppe Env qui utilise le corécepteur CCR5 ou une concentration en Env plus élevée, ont plus de chances d’être transmis, même par un hôte dont les virions plasmatiques présentent majoritairement d’autres allèles. En additionnant tous ces caractères favorisés au cours de la transmission, les chercheurs ont défini un variant idéal typique de leur cohorte. Lorsqu’un virion présente des polymorphismes trop différents de cet idéal, son pouvoir infectieux est réduit.
L’importance du phénomène varie avec le sexe du receveur : il est davantage marqué lorsqu’une femme infecte un homme, l’inverse autorisant plus de variabilité dans la séquence du virus. Cette sélection de caractères viraux reste prédominante même au regard d’autres biais connus pour influencer le risque de transmission, tels que la présence d’une inflammation génitale ou le niveau de charge virale du donneur. Selon les chercheurs, cette découverte pourrait avoir un impact sanitaire majeur : il suffirait de réduire, même marginalement, le pouvoir infectieux de ces « variants quasi-idéaux » pour observer un effet substantiel sur le taux de transmission du VIH.

Carlson JM et al. (2014) Science 345, 178

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VIH (en vert) sur un lymphocyte vu en microscopie électronique (fausses couleurs).
© C. Goldsmith/CDC via Wikimedia Commons