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Les aliments séquencés en haut débit

mardi 2 avril 2013

par Agnès Vernet

Comment trouver de la viande de cheval dans des lasagnes si on ne la cherche pas ? Grâce à la métagénomique à haut débit.

De récents scandales l’ont parfaitement illustré : les process et les relations de l’industrie agro-alimentaire sont désormais si complexes qu’il est très difficile de savoir ce que contiennent réellement les aliments qu’elle produit. Il existe des outils biotechnologiques mais la plupart s’appuient sur la technique de la PCR et ne détectent que ce que l’on cherche.
Thomas Hankeln, de l’université allemande de Mayence, est à l’origine d’une nouvelle approche basée sur le séquençage à haut débit associé à une analyse bio-informatique, spécialement conçue pour détecter et quantifier les différentes sources d’ADN dans un échantillon alimentaire. Baptisée All-Food-Seq, cette méthode s’appuie sur des analyses de génomes complets afin de mettre en évidence les séquences spécifiques des espèces. Grâce à la collaboration avec le bio-informaticien Bertil Schmidt, ces résultats sont ensuite comparés à toutes les bases de données métagénomiques disponibles. Cette technique permet donc d’identifier et de quantifier, par PCR quantitative, tous les contaminants biologiques. Elle permet également d’améliorer la recherche d’allergènes.
Les chercheurs de l’université de Mayence travaillent actuellement avec les autorités de santé allemande et suisse afin de valider le protocole d’All-Food-Seq, tout en préparant l’article de preuve de concept indispensable pour établir scientifiquement leur travail.

Source : Université de Mayence

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