Remous en écologie virale

Les phénomènes géochimiques des océans ne sont pas insensibles aux phénomènes biologiques. Loin de là. Les micro-organismes marins jouent un rôle important dans le cycle du carbone par exemple. Leur activité métabolique est, comme pour leurs congénères terrestres, influencée par les infections virales auxquelles ils sont soumis. Estimer l’abondance relative des virus dans un milieu est donc essentiel.
Depuis les années 1980, l’écologie virale utilise le ratio virus/bactéries comme indicateur statistique des relations entre les virus marins et leurs potentiels hôtes. Ce ratio a été estimé à 10 virus pour 1 bactérie, quel que soit l’écosystème. Pourtant des études suggèrent que sa valeur varie.
17 instituts ont donc rassemblé leurs forces et leurs échantillons afin de réexaminer ce rapport. Leur travail s’est appuyé sur 5 671 estimations de l’abondance relative entre virus et cellules bactériennes issues de 25 études de grande échelle. Résultat : la règle linéaire ne se vérifie pas.
Le rapport entre le nombre de virus et celui de bactéries varie selon les milieux et la profondeur aquatique. Par exemple, dans des eaux de surface, les chercheurs ont mesuré des ratios allant de 1 pour 1 à 150 pour 1… Même constat pour les eaux profondes, les écarts de ratios s’échelonnent de 5 pour 1 à 75 pour 1. Ces variations sont importantes car « un environnement avec 100 fois plus de virus que de bactéries pourrait avoir des taux de renouvellement microbien très différents d’un autre avec beaucoup moins de virus », estime Joshua Weitz, de l’Institut technologique de Georgie, aux États-Unis, un des principaux auteurs de cette étude. Ce qui implique aussi un impact variable sur les phénomènes géochimiques globaux. Une véritable remise en cause de l’uniformité de l’action des virus sur les écosystèmes.
D’autres études, de plus grandes envergures, sont désormais nécessaires pour affiner ce résultat et intégrer précisément l’impact des virus dans les modélisations des cycles géochimiques des océans.

Wigington CH et al. (2016) Nat Microbiol, doi:10.1038/nmicrobiol.2015.24

Le cycle du carbone
© Travail du gouvernement des États-Unis via Wikimedia Commons