Un génome piquant !

Poivron, piment doux, piment d’Espelette, chili, paprika… Autant de noms qui réfèrent à C. annuum. Espèce domestiquée la plus ancienne du continent américain, elle se caractérise par une grande collection de variétés. Elle est utilisée dans de nombreuses industries comme l’agroalimentaire, la pharmaceutique ou celle des pigments naturels. Une multitude d’applications directement liée à ses 20 capsaïcinoïdes différents – les alcaloïdes responsables de la sensation de brûlure lors de l’ingestion de piments –, ce qui en fait un modèle de choix pour étudier l’évolution de la biosynthèse des métabolites secondaires. Pourtant, l’élucidation complète de cette voie métabolique reste imparfaite. Des chercheurs de l’Université de Séoul proposent d’utiliser les méthodes génomiques pour la compléter. Les scientifiques publient ainsi la séquence complète de la variété mexicaine Criollo de Morelos 334.
Leurs travaux révèlent que C. annuum possède un génome environ quatre fois plus important que celui de la tomate, son plus proche parent. La séquence révèle aussi un nombre important d’éléments transposables, qui représentent environ 2,34 gigabases, soit 76,6 % du génome de la plante. Les analyses transcriptomiques suggèrent aussi que la grande variété de capsaïcinoïdes est issue de mécanismes de neofonctionnalisation génique après la spéciation des piments.
La publication de ce génome participe à la promotion des recherches biotechnologiques sur une espèce qui n’a plus à démontrer son potentiel économique. Elle permet aussi de produire de nouveaux éléments pour comprendre l’évolution des solanacées, une famille végétale qui inclus plus de 2 700 espèces, adaptées à des conditions aussi variées que celles qui prévalent dans le désert ou la forêt équatoriale.

Kim S et al. (2014) Nat Genet, doi:10.1038/ng.2877

Piment
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