Une puce pour sélectionner les saumons

Sachant que la production mondiale de saumon de l’Atlantique (Salmo salar) représente pas moins de 1,4 million de tonnes par an, on comprend que la science agronomique s’intéresse de près aux méthodes d’amélioration des poissons d’élevage. Les Université d’Édinbourg, Glasgow et Stirling, en collaboration avec les biotechs Affymetrix et Landcatch Natural Selection, se sont associées pour développer la première puce à ADN s’appuyant sur une haute densité de polymorphismes simple nucléotide (SNP, pour Single Nucleotide Polymorphism). Permettant d’étudier plus de 130 000 SNP, myDesign Custom Array dépasse de très loin la précision des outils précédemment disponibles, qui culminaient à 6 000 SNP. Pour réussir cette prouesse, les équipes britanniques ont dû combiner plusieurs techniques de séquençage à haut-débit, mélangeant les données issues de l’analyse des sites de restriction, des sites de méthylation et des séquences d’ARN messagers.
Cet outil devrait permettre aux aquaculteurs de sélectionner les poissons reproducteurs en fonction de critères qualitatifs et quantitatifs – comme la taille ou la résistance aux maladies – en s’appuyant sur la génomique. MyDesign Custom Array sera en vente dès le mois de mars 2014.

Houston RD et al. (2014) BMC Genom 15, 90

© Landcatch Natural Selection