Une seule cellule sinon rien

Ces dernières années, plusieurs équipes se sont appuyées sur l’amplification de génome entier afin de multiplier l’ADN contenu dans une cellule unique. Mais les niveaux de couverture du génome restent souvent insuffisants. Des chercheurs de l’Université Harvard proposent une alternative à cette approche grâce à une amplification basée sur l’enroulement multiple (multiple annealing and looping-based amplification cycles ou MALBAC).
Cette technique utilise des amorces aléatoires et une polymérase classique pour la PCR. Plusieurs amplicons partiels sont ainsi produits. Lors du cycle suivant, ils deviennent eux-mêmes supports des amorces au même titre que l’ADN génomique. L’amplification des amplicons partiels permet la synthèse d’amplicons complets dont les extrémités sont complémentaires, grâce aux amorces. Les extrémités 3’ et 5’ s’hybrident et entraînent la formation de boucles dans la molécule à une température modérée (58 °C). Cet enroulement prévient les erreurs d’amplification en empêchant les hybridations entre les molécules néosynthétisées. Après cinq cycles, les amplicons sont dirigés vers le séquençage.
D’après ces résultats, la technique MALBAC propose un séquençage qui couvre 93 % du génome d’une cellule humaine et assure la détection de petites mutations, comme les polymorphismes simple nucléotide.
Ce type d’approche est très demandé pour l’étude de la cancérogenèse mais aussi dans des situations où la quantité d’ADN disponible est très faible, comme pour la réalisation de tests prénataux ou des procédures relevant de la police scientifique.

Zong C et al. (2012) Science 338, 1622-6