Des virus endogènes utilisés comme fossiles

Chez les cellules somatiques, les séquences d’ADN indispensables à la réplication des rétrovirus ne posent pas de problème particulier. En revanche, si la cellule infectée est une cellule germinale, elle pourrait conserver des séquences virales dans son génome et les transmettre à la descendance de l’organisme infecté. Cette hypothèse est actuellement la plus répandue pour expliquer l’existence de séquences très proches des rétrovirus au sein d’organismes stables comme les vertébrés. Grâce aux outils d’analyse in silico, ces rétrovirus endogènes peuvent être identifiés dans les différents génomes disponibles.
Des chercheurs de l’université suédoise d’Uppsala ont ainsi réalisé une étude portant sur 90 000 rétrovirus endogènes – ressemblant aux gammaretrovirus – isolés de 60 génomes d’hôtes, tous vertébrés. La reconstruction phylogénomique met en évidence une très grande diversité au sein des séquences virales intégrées dans ces génomes stables. Les virologues en déduisent qu’un très grand nombre de rétrovirus susceptibles d’infecter les vertébrés restent inconnus.
Ces résultats révèlent aussi qu’au cours de l’évolution, les rétrovirus ont fréquemment changé d’hôtes, ce que les chercheurs appellent une « transmission interordre ». Et il semblerait que les rongeurs aient joué le rôle de réservoirs et donc de facilitateurs pour permettre aux gammaretrovirus de se répandre parmi les mammifères.
Cette approche révèle ainsi un potentiel intéressant pour étudier l’évolution des virus, en utilisant leurs traces endogènes comme des séquences fossiles.

Hayward A et al. (2013) Proc Natl Sci Acad USA, doi:10.1073/pnas.1315419110

Le rétrovirus félin de la leucémie de la famille des gammarétrovirus
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